Bemessungsgrundlage für die Kirchensteuer ist die Lohn- bzw. Einkommensteuer sowie die Kapitalertragsteuer. Es handelt sich bei der Kirchensteuer also um eine Annexsteuer (Anhangsteuer), da sie als Zuschlag auf die Lohn- bzw. Einkommensteuer und Kapitalertragsteuer erhoben wird. Die Kirchensteuer orientiert sich also an der finanziellen Leistungskraft der einzelnen Person. Die Höhe der Kirchensteuer beträgt auf dem Gebiet der EKKW (in Hessen und in Thüringen) 9 %.
Bei der Berechnung der Kirchensteuer werden von dem Gesamtbetrag der Einkünfte der Ehegatten im maßgebenden Kalenderjahr die abzugsfähigen Sonderausgaben (z. B. Altersvorsorgeaufwendungen, Kranken- und Pflegeversicherungsbeiträge, gezahlte Kirchensteuern) abgezogen. Sodann ergibt sich das zu versteuernde Einkommen. Anhand des für dieses Einkommen festgelegten Steuertarifs wird die Einkommensteuer (bei einer Zusammenveranlagung der Ehegatten der sogenannte Splittingtarif und bei einer Einzelveranlagung der sogenannte Grundtarif) angewendet. Die im Steuerbescheid festgesetzte tarifliche Einkommensteuer bildet schließlich die Grundlage für die Kirchensteuer, die 9 % dieser beträgt.
Die tatsächliche Belastung durch die Kirchensteuer ist aber geringer, da die bereits entrichtete Kirchensteuer (u. a. bei der Abführung im Rahmen der Lohn-/Gehaltsabrechnung) bei der Einkommenssteuererklärung in dem jeweiligen Jahr als Sonderausgabe geltend gemacht werden kann und insoweit das zu versteuernde Einkommen dadurch verringert wird, was dazu führt, dass die zu zahlende Einkommensteuer insgesamt sinkt und dadurch die Effektivbelastung an Kirchensteuern abnimmt.